自農業部批準轉基因水稻“華恢1號”和“Bt汕優63”的安全證書以來，就轉基因水稻的商業化問題，引起了公眾的強烈不安。

多年來，轉基因作物的安全性問題在國際上就一直爭議不斷，也使得日本和歐盟對轉基因食品采取了嚴格的限制措施。比如，2009年12月，法國生物技術最高委員會宣稱，該機構經過研究認定，種植轉基因玉米“弊大于利”，這一表態使得法國取消轉基因玉米的禁令遙遙無期。除法國外，德國、奧地利、希臘、盧森堡和匈牙利五國也對轉基因玉米下了禁令。

作為農產品出口大國的美國，由于商業游說集團及農產品出口利益的需要，沒有在法律上強制要求標注轉基因食品，否則進口國也會同樣行事，不利于轉基因食品的銷售，會損害轉基因商業集團的利益。但美國公眾和農民對轉基因食品的抗議卻持續不斷，在轉基因食品缺乏強制標注的情況下，人們只好紛紛選擇標注有機的綠色食物。

中國此次的轉基因主糧爭論焦點，除了擔心國家糧食安全被外國基因生物公司控制、轉基因作物對環境和生物多樣性的破壞之外，最重要的是轉基因糧食的安全性。轉基因稻米作為中國人的主糧，長期食用會不會對中國人及其后代造成影響？

對此，華中農業大學作物遺傳改良國家重點實驗室表示“完全安全”，并對《瞭望新聞周刊》稱，“小鼠灌胃實驗的結論可供參考討論：該實驗按照大鼠體重，每千克用5克抗蟲BT蛋白每天兩次灌食。8天后，各組動物體重和臟器重量無生物學意義上的差異。‘華恢1號’稻米中抗蟲蛋白含量≤2.5微克/克，要達到5克/千克(抗蟲蛋白與體重的比率)的接受試驗的劑量，體重60公斤的人需要吃120噸稻米。按照這個實驗結果推理，如果按照每天吃500克稻米計算，一個成年人即使吃‘華恢1號’轉基因稻米657年也應該是安全的。”