大陸海協會和臺灣海基會在確定協商與交流分開的原則后，陳云林這次將首度不帶協商任務赴臺，行程將首度跨越島內傳統藍綠板塊的濁水溪，其行程安排的最大用意，應是拉近與臺灣南部民眾的距離。

陳云林所率領的經貿考察團將參觀臺北、新北、高雄、嘉義、云林等縣市的港口、科技工業園區、企業和農會。從行程安排可知，參訪重點為臺灣中南部，他將跨越被視為島內傳統藍綠版圖分割線的濁水溪，深入民進黨主政縣市。