1943年底省委機關遷到閩中，就近指導沿海抗日，同時打通了與各地區聯系的路線，開創出新的抗日局面。

在日軍第二次侵犯福建前，省委根據當時急速發展的形勢，預計到日軍“也有侵占福建的可能”（《中共福建省委關于準備抗日游擊戰爭政策指示》1944年9月20日）。1944年9月，省委發出了《關于準備抗日游擊戰爭政策指示》，強調必須首先著重于籌集經費和武器，組織抗日游擊隊。10月福州第二次淪陷之后，省委發出《關于抗日游擊戰爭第二次指示》，要求各級黨組織抓住時機，積極開展抗日游擊戰爭，放手發展人民抗日力量，堅決打擊漢奸。省委還對如何開展抗日游擊戰爭問題進行了具體部署，決定以省委自衛武裝主力部隊到閩侯南嶼進行“閃電式”公開抗日，擴大共產黨在抗日戰爭中的影響，并打出“福建人民抗日游擊隊閩中司令部”的旗號，司令員兼政委黃國璋，副司令員陳亨源，參謀長劉潤世，政治部主任林汝楠。在省委的領導下，沿海淪陷區的抗日游擊戰爭再掀高潮。黨領導的沿海抗日游擊戰爭的蓬勃發展，不但振奮了全省人民的抗日斗志，同時也激勵了國民黨官兵的愛國熱情，推動了國民黨反對日本侵略者的斗爭。1945年5月，日軍在福建沿海軍民的不斷打擊下，開始由福建向浙江沿海撤退。共產黨領導下的抗日武裝配合當地駐軍全面出擊，收復失地，驅敵下海，懲治漢奸。5月18日，日軍撤出閩中閩東沿海各縣。