2004年12月22日，日本政府為李登輝赴日活動發放簽證。中方提出嚴正交涉和強烈抗議。

2005年4月13日至20日，全國人大常委會副委員長路甬祥率全國人大代表團訪問日本并出席各國議會聯盟“東盟+中日韓三國小組會議”及全國人大和日本眾議院合作委員會首次會議。

2005年4月17日至18日，日本外相町村信孝正式訪華。

2005年4月，胡錦濤主席出席在印度尼西亞首都雅加達舉行的亞非峰會期間與日本首相小泉純一郎舉行會晤，就發展中日關系提出了包括嚴格遵守《中日聯合聲明》等三個政治文件在內的5點主張。

同時，日本首相小泉在亞非峰會中日領導人會晤和戰后60周年的書面聲明中，分別重申對日本過去侵略歷史表示深刻反省和誠摯道歉。但另一方面，小泉多次參拜供奉有二戰甲級戰犯的靖國神社，致使中日兩國首腦互訪機制中斷多年，中日關系陷入僵局。

2005年5月7日，李肇星外長在日本京都與日本外相町村信孝和韓國外交通商部長官潘基文舉行中日韓三方委員會第三次會議。

2005年5月14日，中日第一次戰略對話在北京舉行。

2005年5月17日至23日，吳儀副總理赴日本出席愛知世博會中國館日活動并順訪日本。

2005年5月21日，唐家璇國務委員會見日本自民黨干事長武部勤和公明黨干事長冬柴鐵三一行。

2005年5月22日，胡錦濤主席會見日本自民黨干事長武部勤和公明黨干事長冬柴鐵三一行。