2003年1月4日，日本媒體披露日本政府從所謂“民間所有者”手中租借釣魚島，中方向日本政府提出嚴正交涉。

2003年1月14日，日本首相小泉純一郎再次參拜靖國神社，中方提出嚴正交涉。

2003年4月6日至8日，日本外相川口順子訪華，溫家寶總理、唐家璇國務委員分別會見。

2003年5月18日至20日，日本聯合執政的自民黨、公明黨、保守新黨干事長訪華，胡錦濤主席、黃菊副總理、唐家璇國務委員分別會見。

2003年5月31日，胡錦濤主席在圣彼得堡出席建城300周年慶典期間會見日本首相小泉純一郎。

2003年9月，全國人大常委會委員長吳邦國對日本進行正式友好訪問。

2003年8月4日，黑龍江省齊齊哈爾市發生侵華日軍遺棄化學毒劑傷人事件，造成我重大人員傷亡。

2003年8月9日至11日，日本內閣官房長官福田康夫訪華。

2003年8月10日至13日，李肇星外長訪問日本。

2003年9月1日至4日，日本防衛廳長官石破茂訪華。

2003年9月4日至10日，吳邦國委員長對日本進行正式友好訪問。

2003年10月7日，溫家寶總理在印度尼西亞巴厘島出席第七次東盟與中日韓（10＋3）領導人會議期間會見日本首相小泉純一郎。

2003年10月20日，胡錦濤主席在泰國曼谷出席第11次亞太經濟合作組織領導人非正式會議期間會見日本首相小泉純一郎。