福建和臺灣同屬中亞熱帶向南亞熱帶過渡的季風性氣候，生態條件十分相近，兩地都有一批享譽國內外的旅游景點，福建的武夷山、土樓、鼓浪嶼、太姥山、大金湖、媽祖祖廟等，臺灣的阿里山、陽明山、日月潭、太魯閣、北投溫泉，不僅為兩岸同胞共同向往，也深受海外華人同胞和外國旅游者青睞。臺灣的許多人文古跡，尤其是民間神廟大多源于福建，如媽祖女神、保生大帝、開漳圣王、清水祖師、臨水娘娘等都分靈于福建的祖廟，其他諸如觀音、關帝、土地公等雖不原產于福建，但卻是從福建二傳到臺灣，并按福建的習俗祭拜。這種獨特的資源配置為閩臺旅游合作奠定了良好的基礎。

閩臺兩地共有血緣相通的5000多萬居民，是互為目的地的巨大客源市場。臺灣每年出島旅游670多萬人次，來福建的約50萬人次左右。閩臺同處在粵港澳和蘇浙滬兩大客源產出地之間，海峽旅游區形成后，閩臺游客將急劇大幅增長，閩臺兩地市場開拓的潛力巨大。這種巨大的市場潛力是構建閩臺旅游合作區的客源條件。

1987年臺灣當局開放大陸探親，開創了兩岸經貿合作的先河，閩臺合作也由最初的臺胞回鄉探親、祭祖、觀光旅游，到后來的投資、貿易往來，如今，對臺經貿往來已成為福建對外經濟中最為重要的一部分。福建臺資占全國的比重一度高達70%，臺胞來閩旅游人數占全省境外旅游的比重最高達40%。閩臺之間農業、工業和科技合作逐步推進，文化旅游交流日益頻繁。