爭議還在于傷情鑒定，警方的鑒定結論是方舟子和方玄昌的傷情都是輕微傷。但是，律師彭劍介紹，方玄昌頭部傷處可見顱骨，且傷及頭部主動脈，傷后頭部有不良反應。方玄昌認為自己介乎輕傷和重傷之間。

顯然，對于這樣一起案件，司法機關理應更慎重從事才對，應當給予被害人及其律師更多準備時間，保障他們的合法訴訟權利，聽取他們的意見，尊重他們提出的合理要求，才能既保證案件辦成鐵案，又能程序透明，讓各方信服。然而，在如此“神速”的審理中，當事人的諸多訴訟權利和合理要求都淹沒了。方舟子稱“昨天上午向法院提交的重新進行傷情鑒定的申請及延期審理的申請”，但法院第二天就宣布開庭，“看來法院根本沒有采納，這讓我都來不及取證，尋找證人。”而且，法院還對此案適用簡化程序，而事實上，根據最高法院的相關規定“有重大社會影響的”的案件不適用簡化程序。

司法機關“神速”審理此案的背后，隱約可見權力的影子。據知情人透露，方舟子遇襲案發生后，社會反響強烈，被列入公安部督辦的案件，所以公安機關和司法機關特別重視此案，并利用節假日加班辦案。司法機關對于此案的高度重視當然值得贊賞，但是，每個案件有自身的特點，而訴訟也有其特定的規律，案件久拖不決固然必須譴責，但案件處理違背訴訟規律過度“神速”也值得警惕，當年濟南“7·9”爆炸案主犯段義和、陳志從案發到被處以極刑，時間不到兩個月，至今讓人感覺這種處理速度是否在掩飾些什么。看來，要讓案件的審理符合程序正義，進而讓案件處理結果經受得住歷史的檢驗，必要的訴訟時間是不可或缺的，這種訴訟時間不能在“督辦”與上級指示的壓力下縮短。