首先，深圳市的改革違反了我國《警察法》等一系列行政基本法。按照法律，凡是符合資格條件進入公務員隊伍的，都可以按照法定程序逐級晉升。可根據深圳市的做法，所有行政執法類公務員統稱為執法員，他們按照深圳市的規定，劃分為若干級別，并且享受不同的待遇。這種另起爐灶的做法，不僅嚴重地干擾了《警察法》的實施，而且更主要的是，會導致深圳市的行政執法類公務員與其他地區同類公務員之間出現嚴重的身份差別，這對于穩定執法人員隊伍，強化執法效能極為不利。

其次，深圳市把從事專業技術領域的公務員單獨列出，制定專門的辦法加以管理，這和我國現行的專業技術職稱評定制度背道而馳。在我國公務員隊伍中存在大量的專業技術人員，他們既是行政管理人員，同時也是各個領域的專業技術專家。解決公務員隊伍中專業技術人員的出路問題，一方面需要提供分流的通道選擇；另一方面則是嚴格考核公務員中的專業技術人員，只要符合公務員晉升資格，就應該向他們敞開大門，不能因為是專業技術人員而打入另冊。

第三，《公務員法》把公務員分為領導職務和非領導職務，并且把非領導職務分為綜合管理類非領導職務、專業技術類非領導職務和行政執法類非領導職務。從表面上看，深圳市的改革有貫徹《公務員法》的意圖，但《公務員法》的立法宗旨，在于建立傳統的層級管理制度，把非領導職務公務員劃分為不同的等級，他們在非領導崗位上享受不同待遇。而深圳市的方案，是把非領導職務的公務員當作公司的職業經理對待，并且按照不同的年資，確定福利待遇標準，這與《公務員法》所規定的層級序列管理制度格格不入。