據(jù)臺軍方內(nèi)部表示，馬對兩岸關系的和緩深具信心，但建軍不松懈，并偏重于陸軍的“決戰(zhàn)本島”，和建立第二擊報復武力為主，軍方未來的部署也將重北輕南，北部是臺灣政軍經(jīng)的頭腦，“愛國者反導彈系統(tǒng)”、陸海空重心都將以保衛(wèi)臺北為第一任務；對應于中國大陸導彈精準度提升，兩岸一旦開戰(zhàn)，北、中、南軍團根本無法相互支持，各軍團獨立作戰(zhàn)勢在必行，而北臺灣自然會成為最重要的戰(zhàn)力部署。

軍方內(nèi)部認為，馬的戰(zhàn)略布局較扁和李登輝時代“決戰(zhàn)境外”的思考更為務實，不至于因大陸崛起，而陷入武器競賽的泥淖，而拖垮臺灣經(jīng)濟。

因此，臺灣的巡航導彈、中程彈導導彈及遠程多管火箭的研制與量產(chǎn)將是馬英九第一任內(nèi)的主要國防突破，從第二擊報復力量中，增加臺灣不對稱戰(zhàn)力的籌碼，對美的軍事采購也將側(cè)重反彈導的愛國者飛彈及爭取德國潛艦為主。

北京方面，也意識到臺北短期內(nèi)即將擁有反擊的武力，因此公布反彈導系統(tǒng)的成功測試，除軍事力量的宣示外，最重要還是對臺的政治喊話。