由此而引發的新興市場經濟組織要不要建立黨組織、黨組織是建在內還是建在外、是否要形成具有縱向隸屬關系的黨組織體系等“體制論爭”，給基層黨建工作帶來巨大困擾，全國若干個新經濟組織和新社會組織建立不起黨組織，新興領域內黨員組織關系管理混亂。一些地方雖然建立了黨組織，卻不能理直氣壯地開展黨的建設。黨在新興領域的執政能力受到嚴重挑戰。

“體制論爭”讓人裹足不前，但也激發了人們沖破桎梏，追求真理的勇氣和責任。很快，關于正確認識“體制論爭”，突破“理論障礙”的領導講話、政策文件、理論文章等陸續走進了我市基層黨建工作的各種會議、理論研討、專題培訓等，從馬克思主義建黨學說，黨的基層組織發展歷史，黨在市場經濟組織的地位作用，黨的自身建設與黨的執政能力建設的關系等諸多層面，對“體制論爭”的思想根源、理論觀點、實踐危害等，進行修正和糾偏，統一大家思想。一是在“價值觀”上，針對“要不要建立黨組織問題”，明確提出“黨作為中國特色社會主義事業的領導核心，有群眾的地方就應該有黨員，有黨員的地方就應該有黨的組織，以保證和實現黨的有效領導。對于市場經濟體制下出現的各類市場經濟組織，我們黨不去占領，其他政治力量就會占領”。新興領域“不僅要建黨，還要理直氣壯”。二是在“參照系”上，指出“市場經濟條件下出現的新經濟組織和新社會組織，分別屬于企業制度和市場體系范疇，都是市場經濟體制的重要組成部分”，“這些新興市場經濟組織不是體制外組織，而是市場經濟體制內的重要組成部分”。三是在“時空觀”上，強調“黨的建設工作作為一定歷史階段的一種社會存在，必須適應社會歷史發展的一般規律，必須隨著變化了的時間、地點、條件而轉移、變化、發展。越是改革開放、發展市場經濟，越要加強黨的建設。這也包括在新興領域建黨工作和開展黨的活動。”

圍繞黨組織“建在新興經濟組織‘內’還是建在‘外’”之爭，市委組織部有關領導多次在相關會議上強調：黨的建設新的偉大工程是為中國特色社會主義的偉大事業服務的，黨的基層組織只有緊緊貼近各種組織和各項工作進行建設，才能在提高自身建設水平的基礎上，提高執政能力建設水平。因此，市場經濟組織黨組織“必須建在‘內部’，這樣才能更好地發揮作用”。針對“市場經濟組織是否要建立自上而下嚴密的黨組織體系”疑問，則進一步指出：“嚴密的組織體系是無產階級政黨區別于其他政黨的重要標志之一。實現把人類帶入共產主義社會這一長遠目標，必須以嚴格的紀律、嚴密的組織來作保證。市場經濟組織雖然是新生的，但只要建立起黨的組織，就必須有明確黨的責任主體，形成具有縱向隸屬關系的黨組織體系，保證黨組織始終處于上級黨組織的領導之下，使不同類型的市場經濟組織黨組織在各自所屬的領域內，按照自身的規律和特點有效地運行。唯此，才能建立起基層黨建工作的新秩序，才能在市場經濟條件下更好地發揮基層黨組織的領導核心或政治核心作用，黨才能擔負起領導社會主義市場經濟發展的任務”。